Storskraken trivs bäst där vattnet är klart och det finns tillgång till fria vattenytor. Den anländer tidigt till sina häckningsområden. Parbildningen har ofta då redan skett i nere i vinterkvarteren.
Som boplats väljer honan helst ett grovt ihåligt träd, men hon häckar mycket gärna i holkar om dessa har tillräckligt stort ingångshål. Storskraken hör till de allra tidigaste häckande av våra andfåglar.